Zaradi primerljivosti izdaj Škofjeloškega in Kapelskega pasijona smo se pri prečrkovanju Kapelskega pasijona z rahlimi modifikacijami ravnali po pravilih, po katerih je bil napravljen kritični prepis Škofjeloškega (Ogrin et al. 2009, 340–342).
Pri prečrkovanju rokopisa iz bohoričice v gajico skuša kritični prepis kar najbolj zvesto slediti izvirniku. Le v primerih, v katerih gre za očitno napako pri zapisovanju ali je drugačna interpretacija zapisa zaradi glasoslovne strukture ustne realizacije Pasijona zelo verjetna, se kritični prepis oddalji od diplomatičnega. Vsaka sprememba v kritičnem prepisu je evidentno predstavljena s pomočjo vzporednega prikaza kritičnega in diplomatičnega prepisa, kjer jo je lahko najti in rekonstruirati. To velja predvsem za nekatere grafemske posebnosti rokopisa, ki so pogojene z njegovo zgodovino in/ali njegovo narečno osnovo.
Grafemi nemškega izvora so prečrkovani z ustreznicami grafemskega sistema slovenskega standarda, in sicer:
Zvočniki so prečrkovani po analogiji pravopisnih pravil v sodobnem slovenskem standardu.
Pri grafemih za zveneče in nezveneče nezvočnike je rokopis zelo nedosleden. Grafemi ſ, s, ſh in sh lahko označujejo tako zveneči kot nezveneči par. Zato so v odvisnosti od dozdevnega okolja nadomeščeni z grafemi s, z, š in ž (ſtuite → stujte; ſlato → zlato; slab → slab; sa → za; she → še; mnoshizo → množico; naſh → naš, ſhie → žiə). Podobno velja – čeprav v manjši meri – za grafeme ostalih zvenečih in nezvenečih nezvočnikov, torej tudi za p/b in t/d, ki so v odvisnosti od glasovnega okolja prečrkovani z etimološko ustreznim parom (pobadli → popadli).
Poleg regularnih primerov, navedenih zgoraj, se je v nekaterih primerih zdela realizacija s polglasnikom najbolj verjetni fonetični most med zapisom rokopisa in dozdevno narečno realizacijo: berizhi → bəriči; dekler → dəkler; usemi jh gar → Vzemi jəh gar; bi jieh tudi radi → bi jəh tudi radi; kaker → kakər; keker → kekər; koker pak → kokər pak; spat jeti → spat jəti; dali ujeti → dali ujəti; da bi niem atu → bi niəm atu; dergazhi → dərgači; vender → vənder.
Imena so praviloma prečrkovana brez odstopanj. To velja tudi za pisavo osebnega imena Kristus (Christus, Kristus), pri katerem pa so krajšave Xstus, Xistus idr. razčlenjene v Kristus.
Očitne napake pri prepisovanju so popravljene, vendar je celotna oblika popravka navedena v opombi v elektronski izdaji, na primer: verz 4: i\s\tem → i s tem; replika 46: Le\ta Svit name odrieſhen bitti → le-ta svit na more odriəšen biti; verz 818: satoire → zatorej; verz 1870: satapnast → zastapnast; verz 2596: eno Millostliu Sodbi stori → eno milostlivu sodbu stori; verz 1193: zhmu meni kar sa touarſha na sposnate → čmu mene kar za tovarša na spoznate; verz 1430: taku moznu → taku močnu; verz 1653: Griuajo meni moi griehi → grivajo mene moji griəhi; verz 1704: useu le\tu je terpeu → vse le-tu je trpev; verz 1943: podni se je strili ta temna Nuezh → podni se je strila ta temna nuəč; replika 12: Nabeſhkem kralloſtvu → nabeškem kralovstvu.